Súbory cookies sú záznamy, ktoré si webový prehliadač ukladá po prekliku z affiliate linku. Práve na tejto báze funguje affiliate marketing. Po kliknutí na odkaz sa vytvorí súbor cookie, ktorý sa uloží v prehliadači, štandardne na 30 dní. Po uplynutí tejto doby sa automaticky vymažú a provízia už publisherovi neprislúcha. Súbory cookies sú údaje publishera, ktoré zabezpečujú, aby bola publisherovi vyplatená provízia. A to aj v tom prípade, keď zákazník nenakúpi ihneď, ale do eshopu sa vráti až po niekoľkých dňoch. Sledujú teda to, či zákazník nakúpi, po tom, čo klikne na reklamu, a to z toho dôvodu, aby bola publisherovi vyplatená provízia.